OMEGA C++ Toolkit

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Contents

• 1 Introduction
  • 1. Overview
  • 2. Theory
    • 2.1 Filtering
    • 2.2 Stereochemistry Enumeration
    • 2.3 Fragment Library Generation
• 2 Applications
  • 3. Using Omega
    • 3.1 Command Line Interface
      • 3.1.1 Required Parameters
      • 3.1.2 Molecular File Formats
      • 3.1.3 Optional Input/Output Parameters
      • 3.1.4 3D Construction Parameters
      • 3.1.5 Structure Enumeration
      • 3.1.6 Torsion Driving Parameters
    • 3.2 Force Fields
    • 3.3 Torsion Library Format
    • 3.4 Example Executions
  • 4. Creating A Fragment Library
    • 4.1 Theory
    • 4.2 Usage
      • 4.2.1 Command-Line Interface
      • 4.2.2 Parameters
      • 4.2.3 Example executions
  • 5. Flipper
    • 5.1 Theory
      • 5.1.1 Input dimensionality
    • 5.2 Usage
      • 5.2.1 Command Line Interface
      • 5.2.2 Parameters
      • 5.2.3 Example executions
  • 6. Installation and Platform Notes
    • 6.1 Licenses
    • 6.2 Installation
      • 6.2.1 Linux/Unix
      • 6.2.2 Windows
      • 6.2.3 OS X
    • 6.3 PVM
    • 6.4 PVM hosts file
    • 6.5 PVM Scaling
• 3 Toolkit
  • 7. OEOmega Classes
    • 7.1 OEOmega
      • 7.1.1 Constructors
      • 7.1.2 operator bool
      • 7.1.3 operator()
      • 7.1.4 AddFragLib
      • 7.1.5 ClearFixFile
      • 7.1.6 ClearFragLibs
      • 7.1.7 GetBuildForceField
      • 7.1.8 GetCanonOrder
      • 7.1.9 GetCommentEnergy
      • 7.1.10 GetDielectric
      • 7.1.11 GetEnergyRange
      • 7.1.12 GetEnergyWindow
      • 7.1.13 GetEnumNitrogen
      • 7.1.14 GetEnumRing
      • 7.1.15 GetExponent
      • 7.1.16 GetFixDeleteH
      • 7.1.17 GetFixMaxMatch
      • 7.1.18 GetFixMol
      • 7.1.19 GetFixRMS
      • 7.1.20 GetFixSubSearch
      • 7.1.21 GetFixUniqueMatch
      • 7.1.22 GetFromCT
      • 7.1.23 GetIncludeInput
      • 7.1.24 GetMaxConfGen
      • 7.1.25 GetMaxConfRange
      • 7.1.26 GetMaxConfs
      • 7.1.27 GetMaxRotors
      • 7.1.28 GetMaxSearchTime
      • 7.1.29 GetRMSRange
      • 7.1.30 GetRMSThreshold
      • 7.1.31 GetRangeIncrement
      • 7.1.32 GetRotorOffset
      • 7.1.33 GetSDEnergy
      • 7.1.34 GetSearchForceField
      • 7.1.35 GetTorsionDrive
      • 7.1.36 GetWarts
      • 7.1.37 SetBuildForceField
      • 7.1.38 SetCanonOrder
      • 7.1.39 SetCommentEnergy
      • 7.1.40 SetDielectric
      • 7.1.41 SetEnergyRange
      • 7.1.42 SetEnergyWindow
      • 7.1.43 SetEnumNitrogen
      • 7.1.44 SetEnumRing
      • 7.1.45 SetExponent
      • 7.1.46 SetFixDeleteH
      • 7.1.47 SetFixFile
      • 7.1.48 SetFixMaxMatch
      • 7.1.49 SetFixMol
      • 7.1.50 SetFixQuery
      • 7.1.51 SetFixRMS
      • 7.1.52 SetFixUniqueMatch
      • 7.1.53 SetFromCT
      • 7.1.54 SetIncludeInput
      • 7.1.55 SetMaxConfGen
      • 7.1.56 SetMaxConfRange
      • 7.1.57 SetMaxConfs
      • 7.1.58 SetMaxRotors
      • 7.1.59 SetMaxSearchTime
      • 7.1.60 SetRMSRange
      • 7.1.61 SetRMSThreshold
      • 7.1.62 SetRangeIncrement
      • 7.1.63 SetRotorOffset
      • 7.1.64 SetRotorPredicate
      • 7.1.65 SetSDEnergy
      • 7.1.66 SetSearchForceField
      • 7.1.67 SetTorsionDrive
      • 7.1.68 SetTorsionLibrary
      • 7.1.69 SetWarts
  • 8. OEOmega Functions
    • 8.1 OEFlipper
    • 8.2 OEOmegaGetLibraryRelease
    • 8.3 OEOmegaGetLibraryVersion
    • 8.4 OEOmegaGetPlatform
    • 8.5 OEOmegaGetRelease
    • 8.6 OEOmegaGetVersion
    • 8.7 OEOmegaIsLicensed
    • 8.8 OESliceEnsemble
  • 9. Release Notes
    • 9.1 Omega 2.3.2
      • 9.1.1 Bug fixes
    • 9.2 Omega 2.3.1
      • 9.2.1 New Features
      • 9.2.2 Bug fixes
    • 9.3 Omega 2.3.0
      • 9.3.1 New Features
      • 9.3.2 Bug fixes
    • 9.4 Omega 2.2.2
      • 9.4.1 Bug fixes
    • 9.5 Omega 2.2.1
      • 9.5.1 Bug fixes
• 4 Appendices
  • A. Param Files
• Bibliography

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Documentation released on September 10, 2008.