AFITT/エーフィット

エーフィット

結晶解析電子密度へのリガンド自動フィッティング

AFITTは、構造歪みエネルギーを最小に保ったままリガンドを電子密度にフィッティングさせるソフトウェアで、実空間での「完全自動フィッティング」が可能な業界唯一の製品です。オープンアイの創設以来の基礎テクノロジー、特に「コンフォーマ作成」「形状ポテンシャル」「高精度の低分子力場を用いた構造最適化」「可視化」といった技術の組み合せにより完全自動フィッティングを実現しました。適切なコンフォーマを見つけ電子密度にフィッティングした後の重要なステップとして、力場と形状ポテンシャルを組み合せたフィッティングの微調整を一連の断熱的な最適化により実施します[1]。

AFITTは GUIとコマンドラインの両方で提供されています。GUIを用いると、自動リガンド・フィッティングやリファインメント辞書の作成を インタラクティブに行なえます。さらにコマンドラインツールは、創薬のためのハイスループット結晶解析には必須であるインテグレーションと自動化の際に力を発揮します。

結晶解析構造(緑)とAFITTの結果の比較

インターフェースは直感的で使い易くできています。複数の結果が順位づけられていることに注目してください。

３Dモデルエディタを用いて、結合次数（1、2、3次）の変更、トーション角度の修正等が行なえます。

特徴：

• 自動リガンドフィッティング ：簡素化された作業行程
• 作業にもとづいたインタフェース；ストリームライン作業環境
• ２D、３D分子エディター
• 分子検索機能；既存の分子名の検索
• 共有結合自動検知機能
• 自動リガンドフィッティング ；通常１分以内に低エネルギーリガンド構造を電子密度にフィッティングします。作業はGUIまたはコマンドラインで行なえます。
• リファインメント・ディクショナリーの作成にはMMFF94を使用します。REFMACおよびCNX形式に対応しています。この操作はGUIまたはコマンドラインのアプリケーションによって行なえます。
• 柔軟な分子（例：回転可能結合数 ≤ 20）や解像度の低い電子密度（例：解像度≤ 3.5 Å)にも対応可能です。
• コマンドライン共にCootと組み合わせた使用が可能です。

[1] Wlodek, S., Skillman, A. G. and Nicholls, A., Acta Cryst. D, 2006, 62, 741.