BROOD/ブルード
分子設計のためのフラグメント検索
ヒット化合物やリード化合物の周囲の化学的空間・物性的空間の探索を行う創薬プロジェクトの支援を目的として、BROOD が開発されました。BROODは、分子内の選択されたフラグメントを、その形状・静電荷・選択的に修飾された分子特性に基づいて置換し、リード化合物の類似化合物を作成します。BROODフラグメント検索は様々な用途に適用可能です。SARの拡張によって、リードホッピング、側鎖の列挙、特許侵害回避、フラグメントの複合、物性値の調整、特許保護などに利用することができます。
エステル基とオキサゾール基の静電ポテンシャル等電位面の比較。両フラグメント間の静電ポテンシャルTanimoto値は0.54です。
特徴：
- 化学的拘束の追加・削除などの化学特性の類似性調整が簡単に行える、グラフィックス版クエリー調整ツールt
- 物理的特性の解析や、数百万の候補化合物の即時特性分類を支援するGUI
- 合成可能性の総合的な予測
- 蛋白質活性部位において新しい化合物群を構築し評価
- ヒットリストの検討と編集のために設計されたGUI、及び、類似化合物のヒットリストの階層的編成を提供
- 医薬的に重要な400万以上のフラグメントを含むデータベースの提供。社内の新規化合物フラグメントをこのデータベースに追加するためのユーティリティも提供
- 合成化学者とモデラー間の情報交換を促進するために、有力な化合物リストの管理・分子の注釈・閲覧用ブックマーク・部分ヒットリスト等のツールを提供
BROODを含む全てのオープンアイ製品について
- 複数のファイル形式に対応：以下のフォーマットの確実な読み込みと書き出しが可能です。
SMILES、SLN、SDF、MOL、MOL2、PDB、FASTA、MOPAC、MacroModel、XYZ、CCP4、XPLOR、OEBinary - 様々なプラットフォームで使用可能 : Linux、Windows XP/ Vista/ 7、Mac OS X、及び多種のUnixを32bitと64bitでサポートしています。
