EON／イーオン
リードホッピングのための静電ポテンシャル類似性検証
EONは静電ポテンシャル比較のためのソフトウェアです。既に重ね合わされた分子間の静電ポテンシャルを比較し、Tanimoto係数を算出します。静電ポテンシャルは分子グラフとの相関が低いため、リード化合物に類似した静電ポテンシャルを有する化合物をEONにより分子データベースから探索することで、リードホッピングの可能性が広がります。
入力分子は既に重ね合わされていることが必要なのでROCSのようなプログラムからの出力構造の解析に向いており、その結果として形状と静電ポテンシャルの類似性が高い化合物が得られます。
EONはリード化合物の創出とライブラリ設計に非常に有用なソフトウェアです。最近アボットの研究者が、ROCSのヒットをEONで後処理することにより得られたin vivo活性を示すMCH-1シリーズのリードホップについて報告しています[1]。NAADPのアンタゴニストのためのケミカルゲノミクス・プロジェクトでは、EONはROCSを補完する形で使われ、NAADPレセプターに対して低ナノモル結合能をもつ化合物を同定しました[2]。
MDDRからの２つの分子 ― 化学構造は全く異なるが、形状と静電ポテンシャルの類似性は高い。 ( Shape Tanimoto > 0.75、Electrostatic Tanimoto > 0.3)
特徴 ；
- 静電ポテンシャルの類似性が高い分子の同定
- 静電ポテンシャル・グリッド間の精密なTanimoto値の出力
- 種々の電荷モデルを提供。ユーザーが定義したモデルの使用も可能
- ROCSと一体化した計算が可能
- Unix プラットフォームでのPVMによる分散化計算が可能
EONを含む全てのオープンアイ製品について
- 複数のファイル形式に対応：以下のフォーマットの確実な読み込みと書き出しが可能です。
SMILES、SLN、SDF、MOL、MOL2、PDB、FASTA、MOPAC、MacroModel、XYZ、CCP4、XPLOR、OEBinary - 様々なプラットフォームで使用可能 : Linux、Windows XP/ Vista/ 7、Mac OS X、及び多種のUnixを32bitと64bitでサポートしています。
[1] Muchmore, S., Souers, A. J., Akritopoulou-Zanze, I., Chem. Biol. Drug Des., 2006, 67, 174.
[2] Naylor, N., Vasuvedan, S., Churchill, G., Nat. Chem. Biol., in the press.
