FILTER／フィルター

Compound Property Calculation & Removal of Undesirables

化合物の特性の算出と、不適切な化合物の排除

FILTERは非常に高速な分子選別・選択のためのソフトウェアです。物理的特性の算出と官能基に関する知識を組み合せることにより、バーチャル又は実験によるスクリーニングに先だって不適切な化合物を排除します。

不適切な特性としては、毒性の高い基、ターゲットとなる蛋白質に共有結合する可能性の高いもの、活性測定を阻害するもの、また経口による使用の可能性が低いものが挙げられます。

モデリングに先だって不必要な化合物を排除すれば製品の陽性予測値が大幅に向上し、かつ計算時間をかなり節約できます。

FILTERは単独プログラムではなく、OMEGAに含まれた形で提供されます。

不必要な化合物を初期の段階で排除するという簡単な概念は無視されがちですが、これによって後続処理がより効率的になります。

特徴：

• 既存のフィルターファイルの使用 ― 簡単にカスタマイズできるテキストファイル
• 算出された分子特性（MW、XlogP [1]、XlogS、PSA[2]、水素結合のドナー数とアクセプター数、回転可能結合、リングのサイズと数、等）によるフィルター
• 既定の部分構造、又はユーザー指定の部分構造による分子の除去や保存
• 化合物のプロトン化状態をグラフ理論に基づき高速に矛盾無く決定
• Lipinski [3]、Egan [4]、Veber [5]、Martin [6]等のADMEフィルターの提供
• 不可能な結合を含む化合物や不適切な元素を含む化合物の除去
• スプレッドシートへの読み込みに適したタブ区切りのファイルの作成
• 1秒間に400分子を処理

FILTERを含む全てのオープンアイ製品について

• 複数のファイル形式に対応：以下のフォーマットの確実な読み込みと書き出しが可能です。
  SMILES、SLN、SDF、MOL、MOL2、PDB、FASTA、MOPAC、MacroModel、XYZ、CCP4、XPLOR、OEBinary
• 様々なプラットフォームで使用可能 : Linux、Windows XP/ Vista/ 7、Mac OS X、及び多種のUnixを32bitと64bitでサポートしています。

[1] Wang, R., Ying, F., and Lai, L., J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1997, 37, 615.
[2] Ertl, P., Rohde, B., and Selzer, P., J. Med. Chem., 2000, 43, 3714.

[3] Lipinski, C., et al., Adv. Drug Deliv. Rev., 1997, 23, 3.
[4] Egan, W.J., Merz, K.M., Baldwin, J.J., J. Med. Chem., 2000, 43, 3867.
[5] Veber, D.F., Johnson, S.R., Cheng, H.Y., Smith, B.R., Ward, K.W., Kipple, K.D., J. Med. Chem., 2002, 45, 2615.

[6] Martin, Y.C., J. Med. Chem., 2005, 48, 3164.