Iridium: 信頼度の高い蛋白ーリガンド構造のデータベース

多大な投資に関わらず、過去３０年の構造に基づいたデザインの研究者の望みは満たされずにいます。これにはいくつかの理由があります。そこで、構造に基づいたデザインのツールの開発に関する、特にドッキングのアルゴリズムに関する問題を解析することを意図に　Iridiumが作成されました。

正確な高精度の予測は、その予測を行うためのモデルの構築に使用されたデータの正確度と精度を超えることはできません。しかし、実験的データの正確度と精度の把握は、容易な作業ではなく、そのため省略されがちです。

４つの公開されている蛋白ーリガンドのデータベースより得られた728の構造の質度を評価しました。このうち、495の構造は実験データ(電子密度)が公開されていないので、この評価から除きました。残りの233構造のリガンドを、１次および２次文献で比較し、矛盾が存在する場合は、原子、官能基、結合次数、原子の電荷、立体異性、トートマー状態が文献とProtein Data Bank (PDB)のファイル間で一致していることを確認し、修正し編集しました。 評価した233構造のうち 47 (20.2%) に関して修正が必要でした。リガンドに加え、85.8%の構造の結合データを編集しました。 次に、編集された構造は、再度リファイニングされ、得られた構造は、複数の基準でその質度を評価されました。 この基準に基づいて構築されたレセプターーリガンド構造群 Iridium-HTは信頼度の高い121構造を含みます。さらに、104構造のレセプターーリガンド構造群 Iridium-MTは、ある程度の精度が認められたものです。8つの問題のある構造を含むレセプターーリガンド構造群 Iridium-NTの精度は信頼度が低いものです。 高精度の構造の使用は、正確な構造に基づいたデザインの予測のための必須条件と言えます。 Iridium-HT は、この条件を満たす高精度の構造群を提供するものです。

Iridiumは、無料で ダウンロードできます。