OEChem TK/オーイーケムTK

化学・ケモインフォマティックスのためのプログラミング・ライブラリ

OEChem TKは、化学とケモインフォマティックスのための高速で柔軟なプログラミング・ライブラリです。 低分子を詳細に扱うための簡単で強力な機能 と共に、蛋白質を扱える拡張機能も提供されます。 High-level functions を使うと簡単な設定で機能が使用でき、 Low-level functions を用いれば細部に渡る柔軟性のある機能設定が可能です。

OEChem TKはC++で利用でき、PythonやJavaラッパーに対応します。オープンアイの他の全てのツールキットを使用する際にはOEChem TKが必要となります。また全てのオープンアイ・アプリケーションの分子取り扱い機能は、OEChem TKによるものです。

新規ユーザのために、OEChem TKの最も重要な機能の使用法を説明する「サンプル・プログラム」が多数提供されます。これらのプログラムは、カスタマイズ・プログラム作成の基礎となる多くの有益なタスク、例えばMCSの検出・分子のフラグメント化・PDBファイルからのリガンドの抽出等を実行します。

OEChem TKはPubchem [1] 及びBREED [2]で、MCS [3]による低分子のクラスタリングや蛋白質・リガンド結合のフィンガープリント化[4]等の、分子取り扱いの基本機能に使用されています。

OEChem TKを用いて、主要なソフトウェア会社が提供する化学モデルを関連付ける事ができます。

複数の化学モデルを確実に認識できれば、データの統合化が可能となります。OEChem TKは、付属の信頼性の高いファイル変換プログラム「BABEL」によって、複数のファイル形式を情報の欠落なしに取り扱うことができます。

特徴

• 分子、原子、結合、及びコンフォーマを手軽に操作可能
• コンフォメーションや座標系の変換機能
• 最大共通部分構造（MCS）や部分構造そのものを用いた検索機能
• LINGOS [5]による非常に高速な二次元類似性検索機能
• 複数のモデルに対して芳香族を認識
• 化学反応の解析と操作
• 四面体とE/Z立体異性体の認識
• 環状構造の認識とケクレ化（Kekulization）
• 分子の標準化及び正規化
• マルチコンフォーマ分子の取り扱い可能
• アミノ酸残基、塩基に対応
• 分子、原子、結合、コンフォーマについて、一般的なプリミティブやユーザ指定のオブジェクトの保存・取り出しが可能

OEChem TKを含む全てのOpenEye製品について

• 複数のファイル形式に対応：以下のフォーマットからの確実な読み込みと書き出しが可能。: SMILES, SLN, SDF, MOL, MOL2, PDB, FASTA, MOPAC, MacroModel, XYZ, CCP4, XPLOR, and OEBinaryx.
• あらゆるプラットフォームに対応：Linux、Windows、Mac OS X、及び様々なUnix を　32 bitと64bitでサポート

[1] http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
[2] Pierce, A.C., Rao, G. and Bemis, G.W., J. Med. Chem. 2004, 47, 2768.

[3] Stahl, M. and Mauser, H., J. Chem. Inf. Model., 2005, 45, 542.
[4] Marcou, G. and Rognan, D. J., Chem. Inf. Model., 2007, 47, 195.
[5] Grant, J. A., Haigh, J. A., Pickup, B. T., Nicholls, A., and Sayle, R. A., J. Chem. Inf. Model, 2006, 46, 1912.