OEDocking TK/ドッキングTK

現在、多種のドッキング　ソフトウエアが関連分野の研究者に提供されていますが、各開発者が新規のドッキングやスコアリングを開発するにあたり、それをサポートできるような一般的かつ基礎的ツールはありませんでした。

OpenEyeのOEDocking TK は、ドッキングとスコアリングの基盤となる機能を提供する新しいプログラミングライブラリーです。OEDocking TKと高度の評価を受けている化学インフォマティク OEChemの共用により、新規のドッキングツールの作成が効果的に行なえます。第一次リリースには、Chemscore, Chemgauss3, PLP, Shapeguassによるドッキング、スコアリング、極小化機能が提供されています。OpenEye特有のリガンドを意識したドッキングを行なう Hybrid Dockingも、ツールキットに提供されています。このツールキットは C++, Python, Java でサポートされています。

ドッキングの特徴

• 徹底した検索とそれに続くポーズ最適化
• Hybrid docking (既知の結合したリガンドをドッキングに使用する)
• 拘束ドッキング

スコアリングの特徴

• スコアの最適化 (硬体での組織的最適化)
• 原子又はスコア機能の内容の詳細を抽出
• スコア注釈 ( VIDAでの可視化用にスコアが分子とともに保存されます。）

スコアリング機能

• Chemgauss3
• Chemscore
• PLP
• Shapegauss

参考文献

• Mark McGann, Harold R Almond, Anthony Nicholls, J. Andrew Grant and Frank K. Brown, Gaussian Docking Functions, BioPolymers, Vol. 68, pp. 76-90, 2003.
   
• Gennady M. Verkivker, Djamal Bouzida, Daniel K. Gehlaar, Paul A. Rejto, Sandra Arthurs, Anthony B. Colson, Stephan T. Freer, Veda Larson, Brock A. Luty, Tami Marrone and Peter W. Rose, Deciphering common failures in molecular docking of ligand-protein complexes, Journal of Computer-Aided Molecular Design, Vol. 14, pp. 731-751, 2000.
   
• Matthew D. Eldridge, Christopher W. Murray, Timothy R. Auton, Gaia V. Paolini and Roger P. Mee., Empirical scoring functions: I. The development of a fast empirical scoring function to estimate the binding affinity of ligands in receptor complexes, Journal of Computer-Aided Molecular Design, Vol. 11, pp. 425-445, 1997.