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QUACPAC／クォクパック

互変異性体・プロトマーの列挙、電荷の割付け

QUACPAC は 電荷を正確に取り扱うために必要なあらゆる手法を提供します。分子の相互作用の化学性はその形状と静電ポテンシャルに依存するため、正確な、或いは少なくとも一貫性のある電荷が創薬には重要です。しかしプロトン化状態が正しく扱われていなければ、最も良いとされる電荷モデルも価値がありません。

QUACPACは正確なプロトン化状態を得るために、pKaと互変異性体の一覧を提供します。またどのような場合でも適切な電荷が利用できるように、様々なスピードと精度に対応した 複数の部分電荷モデル（MMFF94 [1]とAM1-BCC [2]を含む）を提供します。

QUACPACの互変異性体の列挙アプローチは、一つの「正しい」互変異性体の代わりに複数の互変異性体を提供します。後続処理によってこれらから適切な互変異性体の同定が行なわれます。

QUACPAC

AM1-BCC と Gasteiger モデルを用いて計算したコラゲネース阻害剤の周囲の静電ポテンシャル。適切な電荷の付与は、高精度の計算及び意味のある可視化に欠かせません。

 

QUACPAC

実験値の再現計算における、AM1-BCCとGasteiger 電荷モデルの精度比較グラフ

 

特徴：

  • pH 2 ～14におけるプロトン化状態の列挙
  • 互変異性体の列挙と正規化
  • Gasteiger 及び MMFF94 [1] 部分電荷を1秒間に約1000分子の速度で計算
  • 医薬サイズの分子について、AM1-BCC [2]を用いたHF/6-31G*レベルの電荷を1秒間に1分子の速度で計算

QUACPACを含む全てのオープンアイ製品について

  • 複数のファイル形式に対応：以下のフォーマットの確実な読み込みと書き出しが可能です。
    SMILES、SLN、SDF、MOL、MOL2、PDB、FASTA、MOPAC、MacroModel、XYZ、CCP4、XPLOR、OEBinary
  • 様々なプラットフォームで使用可能 : Linux、Windows XP/ Vista/ 7、Mac OS X、及び多種のUnixを32bitと64bitでサポートしています。

[1] Halgren, T.A., J. Comp. Chem, 1996, 17, 490; Halgren, T.A., J. Comp. Chem, 1999, 20, 720.
[2] Jaklian, A., Jack, D.B. and Bayly, C., J. Comp. Chem, 2002, 23, 1623.