Scientific Collaborators／共同研究者
Uppsala（スウェーデン）の結晶解析研究所は、構造の精度および検証の分野において古い歴史をもっています。Alwyn Jonesは、1980年代半ばにRamachandranプロットを用いてデータベースから少数の高解像度構造を排除しました。このデータベースは、電子密度マップからモデルを構築するプログラム「O」で、新規蛋白質モデルの構築と検証のために使用されていたものです。1990年にはJonesとBrandenが、1980年代後半に知名度の高い雑誌に公開された高解像度構造の多くが誤った構造であることに関して、Natureに投稿を行いました。この投稿に刺激され、蛋白質モデルの精度を検証するための数多くの手法やツールが開発されました。
1992年にGerard KleywegtはUppsalaに移り、高精度の結晶解析モデル構築と共にモデルの検証に関する研究に力を入れました。JonesとKleywegtは、検証ツールに関した数多くの論文を共同で発表し、研究レベルの向上、実験データの公開の義務化、蛋白質の結晶構造解析研究者の望ましくない研究状況について意見を述べています。また、Kleywegtは検証に関する総説論文を多数発表し、多くの教材で使用されているインタ−ネット上のチュートリアルを作成しました。
PDBが拡大化するにつれ、より多くの初心者が蛋白質立体構造を研究に使用する様になりました。そこで、高度化したworld-wide webが全世界に普及した状況を鑑み、結晶構造解析実験の初期結果（密度マップ）へのアクセスを提供する作業が1990年代後半にUppsalaで始まりました。その結果がEDS（Uppsala Electron-Density Server）で、PDBの全結晶構造に関するマップ、reflectionファイル、統計的データやプロットへのアクセスを提供しています。現在PDBに登録されている構造の約90%には実験データが付随しており、そのうちの約90%（PDBに登録された構造の約80%）については、R値の再計算すると、5%以内の誤差で再現されます。
出版物
Publications
- Experimental data for structure papers.
- ValLigURL: a server for ligand-structure comparison and validation (pdf 328K)
Other References
- AM Davis, SJ Teague & GJ Kleywegt, "Applications and limitations of X-ray crystallographic data in structure-based ligand and drug design", Angewandte Chemie International Edition, 42, 2718-2736 (2003).
- GJ Kleywegt, "Crystallographic refinement of ligand complexes", Acta Crystallographica, D63, 94-100 (2007).
- GJ Kleywegt & H Hansson, "Retrieval and validation of structural information", In "Structural Genomics and High Throughput Structural Biology" (M Sundstrom, M Norin, A Edwards, Eds.), Taylor & Francis, Boca Raton, Chapter 10, pp. 185-222 (2005).
- GJ Kleywegt, K Henrick, EJ Dodson & DMF van Aalten, "Pound-wise but penny-foolish: How well do micromolecules fare in macromolecular refinement ?", Structure, 11, 1051-1059 (2003).
- G J Kleywegt & T A Jones, "Homo Crystallographicus - Quo Vadis?", Structure, 10, 465-472 (2002).
- G J Kleywegt, "Validation of protein crystal structures" (Topical review), Acta Crystallographica, D56, 249-265 (2000).
