OMEGA／オメガ
生理活性構造を含むコンフォーマ群
OMEGAは計算機創薬（CADD）で必要とされる大規模ライブラリのために設計されました。信頼性の高いマルチコンフォーマ・データベースを高速に作成します。
OMEGAはドラッグライクな化合物のコンフォメーションを迅速に生成し、1プロセッサあたり10,000化合物を１日で処理することができます。
OMEGAは活性構造の再現に非常に有効で[1]、大規模な化合物データベースを使用した場合には[2]、スピードと性能の最適のバランスを実現します。
OMEGA により作成されたコンフォーマ・データベースは、ドッキング・プログラム（FRED）、形状比較ツール（ROCS）、ファーマコフォア認識アルゴリズム等の様々なアプリケーションの入力として使用できます。
OMEGAの知識ベース手法 は、遥かに計算コストの高い手法[3]に匹敵する高精度のデータベースを作成します。
X線結晶解析によるLipitorの活性構造（緑）と、rmsdが0.75オングストローム以内という精度で再現されたOMEGAによる活性構造の重ね合わせ
特徴：
- 非常に高速な（1分子あたり1～2秒）システマティックでルール・ベースの構造探索
- 距離拘束法を用いて1次元、2次元構造を3次元構造に変換
- RMSDと歪みエネルギーに基づき、多様性のあるコンフォメーション集団を選抜
- ユーザー設定可能な検索解像度
- 構造特性の自動重ね合わせ
- UnixプラットフォームでのPVMによるプロセス分散
OMEGAを含む全てのオープンアイ製品について
- 複数のファイル形式に対応：以下のフォーマットの確実な読み込みと書き出しが可能です。
SMILES、SLN、SDF、MOL、MOL2、PDB、FASTA、MOPAC、MacroModel、XYZ、CCP4、XPLOR、OEBinary - 様々なプラットフォームで使用可能 : Linux、Windows XP/ Vista/ 7、Mac OS X、及び多種のUnixを32bitと64bitでサポートしています。
[1] Boström, J., Greenwood J.R., and Gottfries, J., J. Mol. Graph. Mod., 2003, 21, 449.
[2] Perola, E. and Charifson, P.S., J. Med. Chem., 2004, 47, 2499.
[3] Kristam, R., Gillet, V. J., Lewis, R. A., Thorner, D., J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 461.
